Instytut jest laureatem dwóch prestiżowych wyróżnień.
W 2002 roku Instytut otrzymał prestiżową nagrodę Totus w kategorii Promowanie nauczania Ojca Świętego Jana Pawła II, przyznaną przez Fundację Dzieło Nowego Tysiąclecia za wieloletnie propagowanie nauczania Jana Pawła II w ośrodkach naukowych w Polsce i zagranicą, organizowanie międzynarodowych seminariów naukowych i kursów z zakresu nauczania społecznego Kościoła oraz liczne publikacje o tej tematyce.
W 2003 roku Instytut został uhonorowany tytułem "Instytucji Pro Publico Bono" w Konkursie na Najlepszą Inicjatywę Obywatelską, w uznaniu zasług dla instytucji społeczeństwa obywatelskiego prowadzącej działalność edukacyjną oraz promocyjną służącą upowszechnianiu myśli i nauczania społecznego Ojca Świętego Jana Pawła II.
