Instytut Tertio Millennio został założony w 1995 roku przez dominikanina Macieja Ziębę OP, a jego powstanie było związane z ogłoszeniem przez Jana Pawła II Listu Apostolskiego Tertio Millennio Adveniente (1994). W tym dokumencie Papież sformułował wezwanie do przygotowania na czas Wielkiego Jubileuszu Roku 2000.

"Symboliczne Drzwi Święte zamykają się za nami, ale żywa brama, którą jest Chrystus, pozostaje otwarta szerzej niż kiedykolwiek. Po entuzjazmie jubileuszowych uroczystości nie powracamy do codziennej szarzyzny. Przeciwnie, jeśli nasze pielgrzymowanie było autentyczne, pozwoliło nam niejako rozprostować nogi przed drogą, która nas czeka. Musimy naśladować entuzjazm apostoła Pawła: wytężając siły ku temu, co przede mną, pędzę ku wyznaczonej mecie, ku nagrodzie, do jakiej Bóg wzywa w górę w Chrystusie Jezusie" (Flp 3, 13-14), (NMI 59).

Te słowa uznające aktualność zadań opisanych w Liście Tertio Millennio Adveniente zostały przez twórców Instytutu odczytane, jako zachęta do dalszych działań. W 2001 r. Instytut sformalizował swoją niezależność powołując osobną fundację, której cele odpowiadają zadaniom, jakie Papież postawił przed katolikami na czas przełomu wieków. Realizując te cele Instytut stara się być miejscem dyskusji pomiędzy różnymi środowiskami i grupami, które pomimo rozbieżności poglądów i różnorodności doświadczeń, łączy troska o dobro wspólne; chce być instytucją, która promuje wartości w życiu publicznym; jest miejscem, gdzie stale odbywa się recepcja nauczania Jana Pawła II.